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質問者さんへの回答と結論がある程度出ているようなので、参考程度に書かせていただきます。
まずＸＰもＶＩＳＴＡも同じＮＴＦＳファイルシステム使用なのでＮＴＦＳの不具合は全く関係ないと考えられます。
また、パーティションマジックのソフト自身に何か不具合があることも、作成や検証が出来ているということから問題ないと考えます。
今回最も引っかかったのは、ＶＩＳＴＡとＸＰのＯＳ同士の相性と、パーティションマジックをそれぞれに適用した際に不具合が発生したという点です。
本来ならば上位であるＶＩＳＴＡでパーティションを作成し、これをＸＰ上でも使用すること自体は問題は出ないはずと考えるのが普通なのですが、この問題に限らずＶＩＳＴＡはあらゆる点で不具合が出ていると確認しているので、私はできる限りＸＰ環境でもよいと言ってくれるユーザーに関しては、ＸＰの継続使用をおすすめしております。
ですので、ＸＰの環境でパーティションの作成等するのでも問題ないですよと質問者さんが考えていらっしゃるなら、私も他の回答者と同じくＸＰでの使用をお勧めします。

Windowsに限らず、製品の機能というのは、向上を目指すあまり、しばしば「互換性」を無視して生産されます。
ご質問のパーティションの件もしかりで、両方のOSからしっかり認識されて、しかもエラーの出ない方法とするならば、まずXPインストール時にパーティションを分けた後、後からVistaのインストールをされた方が、マルチブート環境の構築をされるのでしたら賢明かと思います。（当然ですが、同じパーティションにインストールするのは危険です。）
この際、パーティションマジックは高機能がゆえに、かえって理解がややこしくなると思いますし、必要ありません。
使いやすい同様のソフトをお教えするならば、
「Acronis Disc Director Suite」がお勧めです。
今後の参考になればと思い、書かせていただきました。

回答がでていると思います。パーテーションマジックを使わず。ＸＰを
インストールする時に、パテーションを作っておき、ＸＰをインストールしてから、ＶＩＳＴＡをインストールすればよいでしょう。

VISTAプリインストールマシンにXPをデュアルブートするのに、PartitionMagic8.0Jを使おうとしたところ、エラーになった記憶があります。かなり以前の記憶のため、どのタイミングでどんなエラーになったかまでは覚えてません。(^^;
このときは、VISTAの論理ディスクマネージャーのほうで、空き領域を作って、XPを入れました。
VISTA対応のパーティション操作ソフトを使うというのでもいけると思います。

一部メーカ製プリインストールマシンは、パーティションテーブルの作り方が悪く、PartitionMagicなどを使うと、Partition不正となり、操作できないことがあります。この場合MBRのパーティションテーブルをセクタエディタなどで修正してあげることでうまくいくことがあります。

そもそもパーティションマジックは何の目的で使われるのでしょうか？
もし、１台のパソコンにマルチブートの目的でXPとVistaをインストールするなら、XPを最初にインストールしその際にパーティションの設定をすれば、他のパーティションにVistaをインストール出来ますが・・・。

これは、パーティションに限った話ではありませんが、新しいバージョンのOSでおこなった作業を古いOSで行うとほとんどの場合でエラーが発生しています。
逆に古いOSで作成した場合は、新しいOSで作業すると互換性があるためエラーが発生しません。

今回の症状から見た場合は、互換性に関する部分と思います。